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Installing scipy in a Python virtual environment

Using virtualenv to create different python environments is a common practice while working in multiple projects. In addition, it may happen that we don’t have root access (i.e. admin rights) in the machine that we are using. Virtual environments are also quite useful in such situations. However, some python packages require extra dependencies that are not straightforward to install.

Installing scipy in a virtual environment should be initially quite straightforward:

python virtualenv.py myVE
source myVE/bin/activate
pip install scipy

However, during the installation of scipy I found the following three problems that took me several hours to solve. Here I share the solutions that worked for me in case they can be useful for someone else (specially myself in the future).

ImportError: libatlas.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
This error appears even having Atlas library properly installed. Apparently, it’s an error that only happens with numpy 1.9.2 in a virtual environment as I found in a small comment in Stack Overflow. The solution is to install the previous version:

pip install numpy==1.9.1

error: library dfftpack has Fortran sources but no Fortran compiler found
Despite my system had 3 different versions of gfortran, none of them were found by the installer. The solution is to create a symbolic link and then include it in your PATH variable.

ln -s /usr/bin/gfortran-4.7 ~/bin/gfortran
export PATH=$PATH:~/bin

ImportError: libopenblas.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
In this case, OpenBLAS library was not installed in the system, so the solution was to compile and install it manually. You can get the sources in the OpenBLAS website and then follow the installation guide.

make
make PREFIX=~/openblas install
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/openblas/lib
export PATH=$PATH:~/openblas/bin

Installing OpenLDAP in a Webfaction server

There are several forum threads regarding problems with the installation of OpenLDAP. The main issue that I faced has been the compatibility with Berkley DB libraries. I found in this site that the required version of Berkley DB for compiling OpenLDAP is 4.8. The steps for the installation are described below.

Once the Berkley DB library is installed, we can proceed to install OpenLDAP indicating the correct paths.

Finally, if we want to install also python-ldap library using pip we will find that the installation fails. For solving this issue, we have to indicate where OpenLDAP is located. If we are using a virtual environment (if not, you should!), we have to edit the following lines in the file $YOUR_VIRTUALENV_FOLDER/build/python-ldap/setup.cfg as explained by eikonomega.

I hope you find this post useful. Beware that installation steps may vary depending on your linux server and software versions.

Reproducir vídeos 3GP con sonido en Ubuntu

Hace un par de años ya hablé sobre este problema y me da vergüenza que siga sin resolverse en una distribución como Ubuntu que pretende ser amigable para el usuario. Y no me parece amigable que al intentar reproducir vídeos que grabamos con el móvil en formato 3GP, no se escuche el sonido.

El problema sigue siendo que los binarios que nos ofrecen de la librería libavcodec no vienen compilados para soportar amr/3gp. La solución “complicada” es compilarlos a mano como explican aquí. O bien, si queremos ahorrarnos problemas, instalar Real Player para Linux y en un plisplás podremos ver estos vídeos sin problemas.

Octoshape: radio y televisión en directo de calidad digital

logo_octoshape
Octoshape es una empresa danesa dedicada al streaming de eventos importantes y que ofrece un software que nos permite ver una serie de canales de vídeo y escuchar emisoras de radio en directo y con buena calidad.

La verdad es que lo conozco desde hace unos años, pero no ha sido hasta hace poco que se ha convertido en imprescindible para mi cita de los sábados de 12 a 14 horas con El Rimadero. Es un programa sobre música rap que presenta Jota Mayúscula en Radio 3. Antes lo escuchaba en el equipo de música, pero tiene mucho ruido, por lo que ahora gracias al streaming y al ADSL puedo disfrutarla sin cortes. La propia RNE ofrece los enlaces para escuchar sus cadenas con Windows Media Player, Real Media Player y Octoshape, siendo este último el que ofrece mejores resultados.

Además otra gran ventaja es que está disponible para GNU/Linux, MacOS X y Windows. Podéis descargar el plugin para cualquiera de estas plataformas aquí. En el caso de que uséis una distribución de GNU/Linux para arquitecturas de 64 bits (amd64, EM64T…) es necesario seguir este manual (en inglés). Básicamente consiste en instalar el paquete ia32-sun-java6-bin si estáis en Ubuntu y modificar el archivo setup.cfg de Octoshape para que use los binarios de Java para 32 bits.